É o órgão normativo, deliberativo e de controle da administração da Fundunesp. É constituído por 09 membros (e seus respectivos suplentes), todos professores da UNESP em plena atividade de docência e pesquisa nas áreas de Ciências Biológicas e da Saúde; Ciências Agrárias e Veterinárias; Ciências Humanas, Filosofia, Letras e Artes e Ciências Exatas e Tecnológicas. Cinquenta por cento (50%) desses conselheiros são indicados pelo Conselho Universitário e cinquenta por cento (50%) pelo Magnífico Reitor, que também indica o seu Presidente. O Vice-Presidente é indicado pelos Conselheiros.
É o orgão fiscalizador da administração econômico-financeira da Fundação. É constituído por 03 (três) membros titulares e 03 (três) suplentes, com mandato de 02 (dois) anos, permitida uma recondução e nomeados pelo Magnífico Reitor, dentre os servidores em atividade no quadro da UNESP.